Wydział Elektryczny WE

pok.: C345
tel.: +48 58 5586-453
email: a.rybarczykwe.umg.edu.pl

• Tytuł zawodowy magistra inżyniera na kierunku informatyka otrzymała w 2001 roku, na Wydziale Elektrycznym Politechniki Poznańskiej, na podstawie pracy pt. Wyszukiwanie motywów w sekwencjach nukleotydowych.
• Tytuł zawodowy magistra na kierunku biologia otrzymała w 2004 roku, na Wydziale Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, na podstawie pracy pt. Dziedziczenie chloroplastów u mszaków.
• Stopień naukowy doktora nauk technicznych w dyscyplinie informatyka uzyskała w 2010 roku uchwałą Rady Wydziału Informatyki Politechniki Poznańskiej, na podstawie rozprawy pt. Algorytmiczne aspekty procesu degradacji RNA, Poznan Monographs in Computing and Its Applications 8, Nakom, ISBN: 978-83-89529-96-1.
• W 2019 roku, uchwałą Rady Wydziału Informatyki Politechniki Poznańskiej, uzyskała stopień doktora habilitowanego nauk technicznych w dyscyplinie informatyka techniczna i telekomunikacja, na podstawie rozprawy habilitacyjnej pt. Kombinatoryczne algorytmy analizy i projektowania degradomu RNA, Poznan Monographs in Computing and Its Applications 21, Nakom, ISBN: 978-83-63919-30-6.
• Tematyka jej działalności naukowo-badawczej koncentruje się wokół informatyki teoretycznej oraz bioinformatyki, w szczególności dotyczy badań z zakresu modelowania i analizy systemów biologicznych, sieci Petriego, analizy sekwencji oraz struktury RNA, sekwencjonowania DNA, teorii algorytmów, problemów kombinatorycznych w bioinformatyce, a także złożoności obliczeniowej.

Dorobek naukowy

Google Scholar: https://scholar.google.pl/citations?user=qKM8VuUAAAAJ

• M. Antczak, M. Zablocki, T. Zok, A. Rybarczyk, J. Blazewicz, M. Szachniuk, RNAvista: a webserver to assess RNA secondary structures with non-canonical base pairs, Bioinformatics, 35, pp. 152-155, 2019, doi: 10.1093/bioinformatics/bty609.
• D. Formanowicz, M. Radom, A. Rybarczyk, P. Formanowicz, The role of Fenton reaction in ROS-induced toxicity underlying atherosclerosis – modeled and analyzed using a Petri net-based approach, Biosystems, 165, pp. 71-87, 2018, doi: 10.1016/j.biosystems.2018.01.002.
• D. Formanowicz, A. Rybarczyk, P. Formanowicz, Factors influencing essential hypertension and cardiovascular disease modeled and analyzed using stochastic Petri nets, Fundamenta Informaticae, 160 (1-2), pp. 143-165, 2018, doi: 10.3233/FI-2018-1678.
• M. Radom, A. Rybarczyk, B. Szawulak, H. Andrzejewski, P. Chabelski, A. Kozak, P. Formanowicz, Holmes: a graphical tool for development, simulation and analysis of Petri net based models of complex biological systems, Bioinformatics, 33(23), pp. 3822-3823, 2017, doi: 10.1093/bioinformatics/btx492.
• A. Rybarczyk, A. Hertz, M. Kasprzak, J. Blazewicz, Tabu Search for the RNA Partial Degradation Problem, International Journal of Applied Mathathematics Computational Science, 27(2), pp. 401-415, 2017, doi: 10.1515/amcs-2017-0028.
• A. Mickiewicz, J. Sarzyńska, M. Miłostan, A. Kurzyńska-Kokorniak, A. Rybarczyk, P. Łukasiak, T. Kuliński, M. Figlerowicz, J. Błażewicz, Modeling of the catalytic core of Arabidopsis thaliana Dicer-like 4 protein and its complex with double-stranded RNA, Computational Biology and Chemistry, 66, pp. 44-56, 2017, doi: 10.1016/j.compbiolchem.2016.11.003.
• A. Rybarczyk, P. Jackowiak, M. Figlerowicz, J. Blazewicz, Computational prediction of non-enzymatic RNA degradation patterns, Acta Biochimica Polonica, 63(4), pp. 745-751, 2016, doi: 10.18388/abp.2016_1331.
• A. Hojka-Osinska, L. Budzko, A. Zmienko, A. Rybarczyk, P. Maillard, A. Budkowska, M. Figlerowicz, P. Jackowiak, RNA-Seq-based analysis of differential gene expression associated with hepatitis C virus infection in a cell culture, Acta Biochimica Polonica, 63(4), pp. 789-798, 2016, doi: 10.18388/abp.2016_1343.
• A. Mickiewicz, A. Rybarczyk, J. Sarzynska, M. Figlerowicz, J. Blazewicz, AmiRNA Designer - new method of artificial miRNA design, Acta Biochimica Polonica, 63, pp. 71-77, 2016, doi: 10.18388/abp.2015_989.
• A. Rybarczyk, N. Szostak, M. Antczak, T. Zok, M. Popenda, R.W. Adamiak, J. Blazewicz, M. Szachniuk, New in silico approach to assess RNA secondary structures with non-canonical base pairs, BMC Bioinformatics, 16, pp. 276, 2015, doi: 10.1186/s12859-015-0718-6.
• N. Szostak, F. Royo, A. Rybarczyk, M. Szachniuk, J. Blazewicz, A. del Sol, J.M. Falcon-Perez, Sorting signal targeting mRNA into hepatic extracellular vesicles, RNA Biology, 11(7), pp. 836-844, 2014, doi: 10.4161/rna.29305.
• M. Radom, A. Rybarczyk, R. Kottmann, P. Formanowicz, M. Szachniuk, F.O. Gloeckner, D. Rebholz-Schuhmann, J. Blazewicz, Poseidon: information retrieval and extraction system for metagenomic marine science, Ecological Informatics, 12, pp. 10-15, 2012, doi: 10.1016/j.ecoinf.2012.07.003.
• M. Nowacka, P. Jackowiak, A. Rybarczyk, T. Magacz, P.M. Strozycki, J. Barciszewski, M. Figlerowicz, 2D-PAGE as an effective method of RNA degradome analysis, Molecular Biology Reports, 39(1), pp. 139-146, 2012, doi: 10.1007/s11033-011-0718-1.
• J. Blazewicz, M. Figlerowicz, M. Kasprzak, M. Nowacka, A. Rybarczyk, RNA Partial Degradation Problem: motivation, complexity, algorithm, Journal of Computational Biology, 18(6), pp. 821-834, 2011, doi: 10.1089/cmb.2010.0153.
• J. Podkowinski, A. Zmienko, B. Florek, P. Wojciechowski, A. Rybarczyk, J. Wrzesinski, J. Ciesiolka, J. Blazewicz, A. Kondorosi, M. Crespi, A. Legocki, Translational and structural analysis of the shortest legume enod40 gene in Lupinus luteus, Acta Biochimica Polonica, 56(1), pp. 89-102, 2009.
• K. Jankowiak, A. Rybarczyk, R. Wyatt, I. Odrzykoski, A. Pacak, Z. Szweykowska-Kulinska, Organellar inheritance in the allopolyploid moss Rhizomnium pseudopunctatum, Taxon, 54(2), pp. 383-388, 2005.
• K. Jankowiak, J. Lesicka, A. Pacak, A. Rybarczyk, Z. Szweykowska-Kulinska, A comparison of group II introns of plastid tRNALys UUU genes encoding maturase protein, Cellular and Molecular Biology Letters, 9(2), pp. 239-251, 2004.